En 1889, après avoir constaté que trop de personnes lui vouaient un serment d’allégeance, le gouverneur français Clément Thomas donne l’ordre à Ahmadou Bamba de renvoyer ses disciples chez eux, mais ses directives demeurent sans effet. Une persécution générale s’ensuit et les mourides sont dépossédés de leurs biens, si bien qu’un exode vers Touba est organisé.
Après plusieurs tentatives infructueuses pour inviter Ahmadou Bamba à se présenter à Saint-Louis , les convocations deviennent menaçantes mais ne donnent aucune suite. Ahmadou Bamba quitte Touba pour s’installer à Mbacké Bari dans le Djolof à 50 km au nord de Touba enavril 1895. Il décide le10 août 1895d’aller répondre à la convocation du gouverneur en quittant Mbacké Bari et rencontre sur le chemin de l’armée coloniale à Djéwol. Il est arrêté et amené à Coki puis à Louga afin de prendre le train en direction de Saint-Louis.
À Saint-Louis il est placé au siège du gouverneur de l’ Afrique-Occidentale française (AOF). Le jeudi 5 septembre 1895, le conseil privé dirigé par le gouverneur général Louis Mouttet convoque une assemblée à l’issue de laquelle la décision d’envoyer Ahmadou Bamba vers le Gabon est adoptée. Son frère Mame Thierno Birahim Mbacké supplée à son absence auprès de sa famille et de la communauté mouride . L’administration coloniale justifie alors sa décision en affirmant : « Il ressort clairement du rapport que l’on n’a pu relever contre Ahmadou Bamba aucun fait de prédication de guerre sainte , mais son attitude, ses agissements, et surtout ceux de ses principaux les élèves sont en tous points suspects. »
Il est embarqué le 21 septembre 1895dans un paquebot brésilien, le Pernambuc , à destination du Gabon où il passe sept années dont cinq ans à Mayumba et deux ans à Lambaréné . À Mayumba, il est pratiquement livré à la nature dans des endroits habités, sans abri, ni nourriture, à la merci des bêtes sauvages, des intempéries des saisons de la région. L’objectif visé par l’autorité coloniale était sa suppression pure et simple
